在学院讲学期间，亚里士多德边讲课，边撰写了多部哲学著作。 亚历山大去世后，雅典人开始奋起反对马其顿的统治。由于和亚历山大的师生关系，雅典人要以不敬神之罪判处亚里士多德死刑。 当年苏格拉底就是因不敬神罪而被判处死刑的，但亚里士多德没有像前者一样“逆来顺受”，而是把学园交给了别人掌管，自己逃出了雅典。第二年，亚里士多德因身染重病离开人世，终年63 岁。 亚里士多德一生勤奋治学，写下了大量的著作，据说有上千部，主要有涉及哲学、物理学、政治学、诗学等方面。他的思想对人类产生了深远的影响，不仅丰富和发展了哲学的各个分支学科，还对科学进步作出了巨大的贡献。 人的本性在于求知虽然亚里士多德是柏拉图的学生，但他却抛弃了他老师所持的唯心主义观点。他说：“吾爱吾师，吾更爱真理。”
柏拉图认为真实知识的源泉不可能是感觉，亚里士多德却认为知识起源于感觉。柏拉图认为理念是实物的原型，它不依赖于实物而独立存在，而亚里士多德却认为“实在界乃是由各种本身的形式与质料和谐一致的事物所组成的”。 “质料”是组成事物的材料，“形式”则是每一件事物的个别特征。这就好比一只鼓翅乱飞的鸡，这只鸡会鼓翅、会叫、会下蛋等，都是它的“形式”，当这只鸡死时，“形式”也就不再存在了，唯一剩下的就只有鸡这一物质。 亚里士多德还有一个观点，那就是人的心灵是形式，身体是质料，这里的形式不同于形状，而且是心灵让一个人之所以成为人的。 眼睛的目的是看东西，脱离了身体便不能看，其实真正在看东西的是灵魂。形式无论体现在物上，还是人身上，看似都有目的，在这一问题上是统一的。亚里士多德和他的学派还创造了一个非常重要的名词：本质。“本质”不等同于“共相”，本质是指“你之所以是你的本性”。没有了这样的本性，你就不再是你。 亚里士多德认为：人的本性在于求知。他说求知是人的本性，人类不会先衡量一门学问是否有用再去决定是否继续思考下去。同样，哲学不会因为有用和无用而被人类有所取舍。
实际上，你每时每刻都生活在哲学中，人说到底是“哲学的”存在。所以，哲学永远不会消亡，因为人不能否认自己的本性。 亚里士多德是希腊哲学的一个转折点，在他之前的许多哲学家，都力求提出一个完整的世界体系，来解释自然现象，而他是最后一个提出完整世界体系的人。在他之后，哲学家们都放弃了提出完整体系的意图，从而转入研究具体问题。 亚里士多德的学说基本上都很通俗。因为有许多东西是红的，所以人们才说有红；因为许多事情是美好的，所以人们才说有美好。这两者之间的关系不是相互的，红的脸蛋也有时会变得苍白，美丽的花也可能枯萎，但是脸和花的本质没变。由此得出，形容词是依赖于专有名词存在的，专有名词的存在与形容词无关，这就是亚里士多德的观点。 想要描述亚里士多德的形而上学，最好的切入点应该是他对理念说的批评以及他自己的共相学说。他反对理念说，并提出了许多论据。他举例说，人是动物，理想的人就是理想的动物，那么有多少种动物就有多少种理想的动物。他的意思很明确，当个体共享一个谓语的时候，并不是因为这些个体之间有关系，而是因为这些个体都与某种理想中的事物有关系。
